Come risulta dallo Statuto, l’Associazione è strutturata su più livelli: nazionale, regionale, Zona e Gruppo. I livelli sono tra loro coordinati; ciascun livello è però – a norma dell’articolo 49 del suddetto Statuto – responsabile della propria amministrazione e finanziariamente autonomo.
L'organigramma dell'Agesci è visualizzabile da qui.
Stato giuridico civilistico dell'Associazione
Sul piano civilistico l'AGESCI è un'associazione non riconosciuta, cioè senza personalità giuridica, che svolge attività senza fini di lucro. L'AGESCI nazionale è iscritta nel Registro nazionale delle APS (Associazioni di Promozione Sociale con quasi tutte le sue “articolazioni territoriali” (Gruppi, Zone e Regioni) e si sta procedendo al completamento dell’iscrizione di tutti i livelli.
Stato giuridico fiscale dell'Associazione
In riferimento alla normativa fiscale l'AGESCI si configura come un ente non commerciale di tipo associativo. Questa definizione si applica ad ogni livello associativo, definibile, come l'associazione stessa, ente non commerciale.
L’Associazione è inoltre riconosciuta dalla CEI ed è, pertanto, una “associazione religiosa riconosciuta dalle confessioni con cui lo Stato ha stipulato patti, accordi o intese”.